cRNA探針是以cDNA為模板在體外轉錄而成的探針，可方便地通過已克隆于特定質粒載體的DNA產生。這些質粒通常在緊鄰多克隆位點的位置含有一個噬菌體啟動子。應用相關的RNA聚合酶和4種核糖核苷(rNTPs)(其中至少一種帶有標記物)進行體外轉錄反應，依賴DNA的RNA聚合酶以克隆的cDNA為模板，以含有標記物的三磷酸核糖核苷為原料，從啟動子下游開始在體外轉錄產生RNA。通過改變外源cDNA在質粒中的插入方向或選用不同的RNA聚合酶，可以控制RNA的轉錄方向(即以cDNA的哪條鏈為模板轉錄RNA)，從而可以得到與mRNA同序列的同義RNA探針(senseprobe)或與mRNA互補的反義RNA探針(antlsense probe)，后者即互補RNA(cRNA)探針。通常用同義RNA探針作cRNA探針的陰性對照。

正文

實現原理

由于在體外轉錄反應物中可提供有標記物標記的核苷酸為原料．因此經過體外轉錄就能得到標記的cRNA探針。cRNA探針是單鏈探針，故以cRNA探針進行雜交反應可避免應用雙鏈cDNA探針作雜交反應時存在的兩條鏈之間的復性問題。cRNA和mRNA之間形成的雜交體要比cDNA-mRNA雜交體穩(wěn)定。因此雜交反應后可經受高度嚴格洗滌。cRNA-mRNA雜交體不受RNA酶的影響，故雜交后還可用RNA酶處理，以除去未結合的探針。此外，體外轉錄合成的cRNA探針的長度比較一致。由于cRNA探針具有以上優(yōu)點，因此在分子雜交中，特別是在原位雜交中的應用較廣泛。但cRNA探針的制備過程較復雜，需要較高的分子生物學實驗條件，cRNA對RNA酶敏感，易被RNA酶破壞，因而在操作過程中需嚴格防止RNA酶污染。